Die Oberkirche in Arnstadt ist ein schlichter, einschiffiger Bau eines Franziskanerklosters aus dem 13. Jahrhundert, der auf einer Anhöhe am südlichen Rand der Arnstädter Altstadt errichtet wurde.

Der Innenraum misst 60 mal 11 Meter, die Decke ist als Holztonne ausgeführt und stammt aus dem 18. Jahrhundert. Die Kirche war ursprünglich turmlos. Im 15. Jahrhundert wurde der Turm errichtet, der seitdem die 60 cm überhängende, mächtige Nordwand des Gebäudes abstützt. Teile des Kreuzganges sind noch erhalten. 2023 wird die Neugestaltung des Kreuzhofs abgeschlossen. Weitere Gebäude des Klosters dienen heute der evangelisch-lutherischen Kirchgemeinde Arnstadt als Diensträume, Wohnung und Gemeindezentrum.

Der Innenraum ist vor allem durch den großen frühbarocken Altar, die Fürstenstände und Emporen, die Kanzel und das Taufbecken geprägt, welche alle aus dem 17. Jahrhundert stammen. Der ursprüngliche als Tryptichon und Klappaltar ausgeführte frühgotische Altar der Franziskaner steht seit dieser Zeit in der Arnstädter Liebfrauenkirche. Zahlreiche Gemälde aus derselben Zeit zeigen biblische Szenen und schmücken die Ballustraden der Emporen.

Nachdem die Kirche in der Mitte der 70er Jahre wegen Baumängeln geschlossen werden musste, erfolgten beginnend in den 90er Jahren die ersten Arbeiten zur Sanierung und Restaurierung. Der Abschluss der wesentlichsten Arbeiten war ursprünglich zum Reformationsjubiläum vorgesehen, fand seinen Endpunkt jedoch aufgrund unerwarteter Fußbodenarbeiten erst mit ihrer Wiederweihe am 13. September 2020. Vieles wurde seitdem insbesondere auch durch die Unterstützung privater Spender wieder hergestellt. Aber immer noch harrt vieles seiner Restaurierung - auch wenn man dies, wenn man die Kirche betritt, nicht gleich merkt. So ist z. B. die Orgel aus der Gründerzeit nicht mehr funktionstüchtig.

In der Oberkirche ist die Atmosphäre des Franziskanerklosters noch ebenso spürbar wie das Jahrhundert nach der Reformation. Dass die Kirche im Wesentlichen seit dem 18. Jahrhundert nicht umgestaltet wurde, verleiht ihr eine besondere Authentizität.