Im Jahr 1375 wird eine Holzkirche in Exdorf erwähnt. Sie stand unter der Patronatsherrschaft des Adelsgeschlechtes von Exdorf .1429 erscheint Exdorf als selbständige Pfarrei, zu der Oberndorf gehört.

In Obendorf stand eine kleine Taufkapelle. Der Letzte des ortsansässigen Adelsgeschlechtes war Georg von Exdorf und zugleich (um 1438 ) Pfarrer von Exdorf. Die heutige Kirche wurde am 14.November 1730 geweiht. Zweihundert Jahre später wird die Kirche im Innern umfangreich renoviert.
Erst 1994 ist wieder eine größere Innenerneuerung möglich. Dabei wurde auch das Deckengemälde "Christi Himmelfahrt" restauriert. Im April 1995 feierte die Gemeinde die Wiedereinweihung der Kirche mit Gästen aus der Partnergemeinde. Dank der regen Anteilnahme und Unterstützung durch die Partnergemeinde konnte im Jahr 2004 auch die Orgel (von Theodor Kühn, Schleusingen, 1874 erbaut) durch die Orgelbaufirma Hey, Ostheim -Urspringen, wieder in Stand gesetzt werden.