Die Kirche wurde 1755/56 als Nachfolgebau einer Klosterbasilika errichtet. Sie wurde vorbildlich restauriert und renoviert und wird heute auch regelmäßig für Konzerte genutzt.

Die das Stadtbild mit prägende Barockkirche wurde 1755 bis 1756 auf den Grundmauern einer gotischen Kirche errichtet. Der aus westlicher Richtung in die Stadt hineinführende Bergrücken diente früher Verteidigungszwecken und war wohl Vorposten für die Kaiserpfalz in Dornburg an der Saale. Daraus entwickelten sich dann die Kirche, der Friedhof und auch der Rückzugsort der Bevölkerung bei Angriffen auf die Siedlung.

Von 1990 bis 1991 erfolgte an diesem Gotteshaus und dem Umfeld eine Renovierung. Ein romanischer Reliefstein, einen Drehleierspieler darstellend, ist an der Nordwestseite der Schkölener Kirche eingebracht worden.