Im Jahr 1481 ließ der Salzunger Bürger Heinrich Fulda diese Kirche in der Nähe der Sondersiechenhäuser bauen. Der Grundstein wurde am 15. Mai gelegt. Nach längerer Bauzeit wurde die Einweihung vermutlich am 20. Oktober 1486, dem Tag des Hl. Wendelin (Schutzpatron des Weideviehs) statt.
Bis 1634 hielt man sonntäglich Gottesdienst. Danach wirkte noch bis 1682 ein Pestpfarrer. In der Folgezeit diente die Kirche als Friedhofskapelle für die umliegenden Orte. In den Kriegsjahre 1813/14 wurde die Kapelle auch als Militärlazarett genutzt und während der Renovierung der Stadtkirche 1908/09 fanden auch wieder Gottesdienste darin statt. Noch bis nach dem 2. Weltkrieg Nutzung für Trauergottesdienste.
Während der DDR-Zeit wurde die Kapelle als Abstellraum zweckentfremdet. Nach der Wende fanden dann Aufräu-mungsarbeiten statt und Dach und Putz wurden erneuert. 1996 konnte erstmals wieder zu Gottesdiensten eingeladen werden.