Die St. Marienkirche Questenberg ist eine einzigartige Kirche, die aus einem gotischen Chorraum mit einem Spitzgratgewölbe und einem barocken Kirchenschiff besteht. Sie steht inmitten des Karst-(Gips-)Gebietes im Südharz in einem schmalen Tal.

Die Besonderheit der heutigen Kirche St. Marien in Questenberg liegt im hohen Alter des mittelalterlichen Chores, der wahrscheinlich bereits in der 2. Hälfte des 13. Jahrhunderts gebaut wurde und der um 1305 urkundlich belegten Pfarrkirche in Questenberg entspricht. Der Chor ist dreiseitig ausgelegt und wird mit einem Triumphbogen abgeschlossen, der die Form eines gedrückten Spitzbogens mit ungebrochener gerade Leibung besitzt und der heute den Chor mit dem Kirchenschiff verbindet. Er ist mit einem scharfgratigen oder Zellengewölbe bedeckt. In der Ostwand des Chores befindet sich ein kleines, im stumpfen Spitzbogen gedecktes Fenster ohne Maßwerk, dass ebenfalls aus dem 13. Jahrhundert stammt. Die beiden Fenster an der Nord- und Südwand mit Vierpassmaßwerk und gekehlten Pfosten stammen dagegen aus dem 15. Jahrhundert.
Der mittelalterliche Chorraum ist im Zuge einer Kirchenerneuerung 1781 durch ein Fachwerkgeschoss überhöht wurden, dass die Kirchenglocken trägt. Die kultur- und kunstgeschichtliche Bedeutung des in der gesamten Region singulär erhaltenen mittelalterlichen Chorraumes ist deshalb in heutiger Zeit nicht mehr von Außen, sondern nur aus dem Innenraum heraus deutlich zu erkennen.
Das Langhaus der heutigen Kirche wurde 1781 mit Mauern aus Feld- und Bruchsteinen neu errichtet. Dabei wurde der Triumphbogen vermauert und der barocke Kanzelaltar vor den gotischen Chorraum gestellt, der seit dem nur noch als Sakristei diente. Das Langschiff der Kirche von 1781 wurde mit einem hölzernen Tonnengewölbe und Emporen ausgestattet. Im Jahr 1934 wird der barocke Kanzelaltar entfernt und der Triumphbogen wieder geöffnet, so dass der gotische Chorraum wieder seine Bestimmung als Altarraum erhält.
1962 wird das Langhaus der Kirche bei einem Unwetter stark beschädigt und nur provisorisch in der Form umgebaut, wie sie heute zu sehen ist: Die Seitenemporen müssen entfernt werden, eine Flachdecke aus Pressholzplatten, die sich aufgrund der Feuchtigkeit stark durchbogen, wird eingezogen und der Raum unter der Westempore wird als Winterkirche abgetrennt.
Im Jahr 2013 wurde das Kirchenschiff dann komplett saniert: Ein neuer Ringanker wird eingezogen, der Dachstuhl überarbeitet, das Dach neu gedeckt, die Decke neu eingebaut und der Putz erneuert.
Die Kirche Questenberg zeigt sich heute deshalb mit einem architektonisch wunderschöner Chorraum und einem klar gegliederten Kirchenschiff.