Die St. Thomaskirche in Magdeburg Pechau wird 1221 erstmals urkundlich erwähnt. Im Kern ist sie spätromanisch. Später wurde sie als gotischer Saalbau ausgestaltet. Der Chor erhielt einen 5/10 Schluss. Über dem Westgiebel erhebt sich ein Fachwerkturm, der im Jahr 2000 in der Gestalt des 1984 abgetragenen Vorgängerturms von 1894 wiedererrichtet wurde. Im Turm befinden sich zwei Glocken. Die größere wurde 1921 in Erfurt als Nachfolgerin der zu Kriegszwecken eingeschmolzenen Glocke gegossen. Die kleinere Glocke wurde im Jahr 2000 in Lauchhammer ebenfalls als eine Nachfolgeglocke gegossen. An der Südseite des Schiffes befindet sich ein barockes Portal (2. Hälfte des 17. Jahrhunderts) mit schlichter Pilasterrahmung und einem Segmentgiebel. Das Innere der Kirche ist flachgedeckt. Die völlig schadhafte barocke Ausstattung ist im Zuge einer Neugestaltung des Kircheninneren in den Jahren 1981-86 vollständig entfernt worden. Erhalten geblieben sind der Taufstein in klassizistischer Form mit Figurenrelief, zwei Säulen des Kanzelaltars und das Kruzifix über dem Altar. Die Zinnleuchter stammen aus dem Jahre 1648.
In den Jahren 2002/2003 sind der Dachstuhl und die Dacheindeckung vollständig erneuert worden.
In den Jahren 2005 und 2006 ist die Thomaskirche im Zuge einer AQB-Maßnahme im Innenraum neugestaltet worden. Die Empore und die Bleiglasfenster sind vollständig erneuert worden Die jetzige Farbgestaltung geht auf die Ausmalung der Kirche Ende des 19. Jahrhunderts zurück. Im Außenbereich sind das Gebäude und die Friedhofsmauer saniert und mit neuer Farbgebung versehen worden.
Im Jahr 2015 konnte eine elektronische Orgel der Firma Hoffrichter aus Salzwedel erworben werden. Sie hat zwei Manuale und ein Pedal, 24 Register, vier verschiedene Orgeldispositionen sowie - besonders interessant- eine "Selbstspieleinrichtung". Der Gemeindegesang kann damit auch bei Abwesenheit eines Organisten begleitet werden. Die Töne der Orgel wurden im "Einzeltonsampling-Verfahren" auf die Festplatte der Orgel "transferiert", d.h. jeder einzelne Ton in jedem Register wurde von einer "echten" Orgel aufgenommen und abgespeichert.
Auf dem Kirchfriedhof befindet sich das Grabmal von Heinrich Rathmann von 1821, der als Geistlicher und Konsistorialrat in Pechau und Magdeburg wirkte. Darüber hinaus wurde Rathmann bekannt durch seine historischen Werke zur Geschichte Magdeburgs.
Auf dem Friedhof befindet sich das Ehrengrab für die 13 Bombenopfer aus Pechau, die am 21. Januar 1944 den Tod fanden.
Weitere Angaben zur Geschichte der St. Thomas Kirche können Sie z.B. den Publikationen des Stadtplanungsamtes Magdeburg
"Dorferneuerungsplan Pechau 67/1998" S. 13-29 und
"Kirchen und Klöster zu Magdeburg 71/2000" S. 145 entnehmen.