Kleinfahner wurde im Jahre 874 erstmals urkundlich erwähnt. Das Wappen des Ortes mit einem pyramidenförmigen Baum ist Symbol des nahen Waldes und der frühzeitigen Kultivierung von Obst- und Esskastanienbäumen.

Johann V. Sickler, Pfarrer in Kleinfahner von 1791 bis 1820, war Gründer des Fahnerschen Obstanbaus.

Sein Wirken wurde gefördert und unterstützt von dem Grundherrn Friedrich Wilhelm von Seebach.

Am Pfarrhaus erinnert eine Gedenktafel an das Wirken Sicklers. Die Adelsfamilie der Seebachs bestimmte über Generationen die Entwicklung der Wirtschaft in den Fahner Dörfern und beeinflusste auch das geistige und geistliche Leben. Viele Spuren davon sind in der Kirche zu finden.

Der Bau des Gotteshauses machte sich erforderlich, weil die alte Kirche einsturzgefährdet war. Die Steine zum Neuaufbau kamen teils aus hiesiger Flur, teils aus Burgtonna, die Sandsteine
vom Seeberg bei Gotha. Das Kircheninnere ist im neogotischen Stil gestaltet.

Am 14. November 1864 wurde die Kirche vom damaligen Pfarrer Edmund Goering mit den Worten eingeweiht:

"Möge Gott über diesen Bau mit seiner Gnade walten und verleihen,
dass stets ein frommes Geschlecht hier ihn anbete, das sich aufbaue
als die lebendigen Steine zum geistlichen Hause".

Ein Zeugnis gelebten Glaubens stellte die Aufnahme von 800 Personen, die aus Salzburg emigrieren mussten, im Jahre 1732 dar, darunter ein junges, an Schwindsucht erkranktes Mädchen.

Der Pfarrer und die Bürger des Ortes sorgten für eine "ordentliche Beerdigung" der Fremden Eine Dokumentation neben dem Grabstein der "Maria Seer" im Eingangsbereich der Kirche informiert genauer über diese Geschichte.

Im Pfarrhaus trifft sich die Gemeinde in den Wintermonaten zum Gottesdienst. Das Haus bietet Platz für Gemeindeveranstaltungen, Feste und den monatlichen Kindernachmittag.