Die Kirche wurde von 1380 – 1508 im spätgotischen Stil erbaut, der Turm erhielt jedoch bereits eine Renaissancehaube, er wurde 1556 vollendet .
Am 19.3.1945 wurde die Kirche bei der Bombardierung der Innenstadt stark beschädigt. Am 2.4.1955 konnte die wiederhergestellte Stadtkirche neu geweiht werden.
Erst 55 Jahre nach Kriegsende, am 26.5.2000, konnte das provisorische Turmdach durch eine Nachbildung der ursprünglichen Renaissancehaube ersetzt werden.

Die älteste Kostbarkeit dieses Gotteshauses ist die Figur des Erzengels Michael, Michael-Plastik des Schutzheiligen von Kirche und Stadt.
Die Holzplastik stammt aus der 1. Hälfte des 13. Jahrhunderts (ca. 1240), stand also bereits in der spätromanischen Vorgängerkirche und dann nach Vollendung des gotischen Bauwerkes 400 Jahre in einer eigens für sie geschaffenen Schmucknische außen an der Südseite des Turmes.
Luthers Grabplatte
...mit dem Bild Martin Luthers ist das Original für das Grabmal des Reformators.
Von Lucas Cranach d.Ä. entworfen und in Erfurt gegossen, kam sie durch die Folgen des Schmalkaldischen Krieges nicht an ihren Bestimmungsort Wittenberg.
1571 wurde sie vom Weimarer Herzog der Jenaer Universität geschenkt und befindet sich seitdem in der Stadtkirche. Nach Wittenberg kam erst anläßlich des 400. Geburtstages 1883 eine Kopie.