Eine Burg war Vorgängerbau der jetzigen Kirche. Aus ihr gingen der befestigte Kirchhof, der hohe Mauerring und der Torturm hervor, die noch gut erhalten sind.

1389 wurde diese wehrhafte Anlage erwähnt. In dieser Zeit nannten sich auch Ritter nach dem Ort. Der Ort gehörte ursprünglich zur Cent Wasungen der Grafschaft Henneberg-Schleusingen, kam aber schon im 14. Jahrhundert an das Amt Maßfeld.

Stepfershausen war 1597–1647 von Hexenverfolgungen betroffen: Drei Männer und zwei Frauen wurden in Hexenprozessen angeklagt, drei Personen hingerichtet. Das erste Opfer war 1597 Elsa Ritz.

Nach der Aufteilung der Grafschaft Henneberg im Jahr 1660 gehörte der Ort nochmals kurzzeitig bis 1672 zum Amt Wasungen und kam dann an das Amt Maßfeld im Herzogtum Sachsen-Meiningen zurück. 1825 wurde er dem Amt Meiningen angegliedert. Am 16. Oktober 2018 beschloss der Gemeinderat die freiwillige Eingliederung in die Stadt Meiningen, die am 31. Dezember 2019 vollzogen wurde.