Die Saalkirche mit eingezogenem polygonalem Chor und Dachreiter über dem Westgiebel stammt aus verschiedenen Zeiten.

Der Westteil der Kirche ist noch romanisch, der Chor gotisch und zwischen 1739-41 ist der gesamte Bau einheitlich umgebaute worden. Dabei wurden wohl auch die Fenster vergrößert.

Die Vorhalle ist Ende des 19. Jahrhunderts leicht vorgezogen. Das Innere ist flach gedeckt mit Schablonenmalerei vom Ende des 19. Jahrhunderts am Dachgesims. Die Hufeisenempore zeigt neugotische Formen.

Eine Sakramentsnische ist in der südlichen Seite des Chores zu sehen. In dem klassizistischen Kanzelaltar (19. Jahrhundert) wurde die Kanzeldes Vorgängerbaues wieder verwendet.

Am Kanzelkorb aus dem 18. Jahrhundert sind Gemälde der vier Evangelisten und eines mit Christus zu sehen. Aus dem Jahr 1582 stammt die steinerne Taufe. Die barocke Orgel aus dem 18. Jahrhundert.

In der Kirche zu Nellschütz steht außerdem die vermutlich zweitälteste noch erhaltene Orgel im Weißenfelser Land. Sie wurde 1723/24 erbaut.