Die ältesten Teile der Kirche am Crawinkler Markt, darunter der Turm mit seinem gotischen Gewölbe und der Inschrift in der Sakristei, datieren ins Jahr 1421. 1613/14 entstand aus dieser Marienkapelle eine Kirche, die jedoch mitsamt Turm, Pfarr- und Schulhaus sowie 113 Wohngebäuden und 116 Scheunen bei einer verheerenden Feuersbrunst am 4. Mai 1624 abbrannte.

Der in der Folgezeit wiedererrichtete Kirchenbau wurde unter Einbeziehung des vorhandenen Mauerwerks und Turmes ab 1754 unter Herzog Friedrich III. von Sachsen-Gotha-Altenburg verändert. Seine barocke Innengestaltung mit den charakteristischen dreigeschossigen Emporen erhielt die Marienkirche 1758, den Taufstein 1781.

Die in den 1980er Jahren stark einsturzgefährdete Kirche, in deren Innerem der Hausschwamm sein Vernichtungswerk begann, wurde ab 1988 nicht zuletzt durch die Hilfe der Gemeindeglieder wieder aufgebaut und 1991 eingeweiht. Erst im September 2001 konnte der Arnstädter Kirchenmusikdirektor Gottfried Preller die aus der Klosterkirche von Bad Klosterlausnitz stammende Poppe-Orgel von 1866 in Dienst nehmen, deren Erwerb durch einen tatkräftigen Verein mit der Unterstützung der Crawinkler Einwohnerschaft möglich wurde.