Am 1. November 1731 feierte die damalige Gemeinde das erste Knopffest des neu erstandenen Kirchturmes. Auf seiner Spitze wurde als Wetterfahne ein Hirsch montiert, zum Zeichen, dass Berka mitten im Jagdgebiet der Weimarer Herzöge lag. Nur acht Jahre später begann die Kirchengemeinde, auf den Grundmauern der alten gotischen Klosterkirche den einheitlichen stattlichen Barockbau zu errichten. Dabei kamen einige der noch erhaltenen Außenwände zur Verwendung. So sehen wir an der Ostwand noch heute einen gotischen Spitzbogen. Auch die Sandsteinwände am Hintereingang weisen auf eine ältere baugeschichtliche Epoche hin. 1741 wurde diese neue Kirche in ihrer barocken Gestalt der St. Marienkirchgemeinde Berka zur gottesdienstlichen Nutzung übergeben. Die letzte Innensanierung erfolgte 1989 unter der Beratung des Weimarer Restaurators Horst Jährling.