Erbaut wurde St. Jakob als Pilgerkirche auf dem Weg nach Santiago de Compostela. 1168 erfolgte die Weihe eines ersten Kirchbaues an diesem Ort.

1535 musste die Kirche wegen finanzieller Nöte geschlossen werden. Der Bau wurde in den folgenden Jahrzehnten als Kornhaus und später für Trauerfeiern genutzt.

1712/13 erfolgte der Abriss der baufälligen Kirche. Herzog Wilhelm Ernst veranlasste einen Neubau. 1728 wurde die Jakobskirche Garnisonskirche und als 1774 der Weimarer Stadtbrand die Schlosskapelle zerstörte, Hofkirche. Am 19. Oktober 1806 ließen sich Johann Wolfgang v. Goethe und Christiane Vulpius durch Oberkonsistorialrat Günther in der Sakristei trauen. Das Kirchenschiff wurde während dessen als Lazarett für verwundete Soldaten aus der Schlacht von Jena und Auerstedt genutzt.