In der Seelsorge kann alles zur Sprache kommen, was den Kindern, Jugendlichen, Mitarbeitenden oder Eltern auf dem Herzen liegt. Meist drehen sich die Gespräche um schwierige Erfahrungen im Schulalltag oder im häuslichen Umfeld. Zu den schulischen Themen zählen z. B. Leistungsdruck und Überforderung, Streit und Mobbing bis hin zu Gewalterfahrungen. Psychische Belastungen, Ängste oder Aggressionen wirken sich mitunter massiv auf den Schulalltag und das Lernverhalten aus. Auch Familienkonflikte, Scheidungen, Arbeitslosigkeit der Eltern oder Armut belasten Kinder und Jugendliche sehr. Neben entwicklungstypischen Themen wie Sinn- und Identitätssuche, Pubertätskrisen, (erste) Liebe und Liebeskummer geht es in der Schulseelsorge auch um Entwicklungs- und Beziehungsstörungen, Sucht und suizidale Krisen. Hinzu kommen akute Krisen wie schwere Krankheit, Unfälle und Gewalttaten oder Tod und Trauer von Schulangehörigen und deren Familien.