Grundsätzlich können sich Schülerinnen und Schüler bei Sorgen und Nöten an alle evangelischen Religionslehrerinnen und -lehrer wenden. Dazu zählen staatliche Lehrkräfte sowie kirchliche Gestellungskräfte.

In der EKM gibt es für staatliche und kirchliche Religionslehrkräfte die Möglichkeit einer qualifizierenden Ausbildung für die Schulseelsorge. Dabei werden Themen behandelt, die im Kontext Schule zu Herausforderungen und Konflikten führen können, z.B. Tod und Trauer im Schulalltag, Süchte, entwicklungspsychologische Auffälligkeiten, Überforderung und Spiritualität. Ein wichtiger Anteil der Ausbildung ist die Selbsterfahrung. Diese dient dazu, die Kinder und Jugendlichen vor Übertragungen durch die Seelsorgeperson zu schützen und die Seelsorgerinnen und Seelsorger in ihren Ressourcen zu stärken.

In der EKM haben bislang 110 Personen die Ausbildung für Schulseelsorge durchlaufen. Damit gibt es an etwa 6% der insgesamt rund 1770 staatlichen und freien Schulen in Thüringen und Sachsen-Anhalt eine qualifizierte Schulseelsorge.