In vielen Krankenhäusern der EKM engagieren sich Haupt- und Ehrenamtliche in der Seelsorge. Hauptamtlich Seelsorgende sind in der Regel Pfarrerinnen und Pfarrer. Zur Vorbereitung auf ihren besonderen Dienst im Krankenhaus haben sie eine Klinische Seelsorgeausbildung von mindestens 12 Kurswochen absolviert.

Ehrenamtliche werden in der Regel von hauptamtlich Seelsorgenden auf ihre Aufgabe vorbereitet und darin begleitet. In größeren Krankenhäusern gibt es dafür standardisierte Ausbildungsgänge. Das Seelsorgeseminar der EKM bietet ebenfalls Kurse für Ehrenamtliche an.

Regelmäßige Fortbildung und Supervision ist für alle Seelsorgenden verpflichtend.